Podczas seminarium naukowego Innowacyjność w Polsce w 2009 roku zorganizowanego przez Instytut Nauk Ekonomicznych Polskiej Akademii Nauk oraz Sieć Naukową MSN, Comarch otrzymał wyróżnienie za zajęcie pierwszego miejsca wśród najbardziej innowacyjnych firm w sektorze teleinformatycznym w 2009 roku.
Comarch znalazł się także na 22 pozycji wśród 500 najbardziej innowacyjnych przedsiębiorstw w Polsce w 2008 roku (Raport o innowacyjności gospodarki Polski w 2009 roku INE PAN i SN MSN). Spośród 206 dużych przedsiębiorstw obecnych w tym rankingu Comarch zajął 15 miejsce.
Ranking jest piątą, jubileuszową edycją Raportu o Innowacyjności gospodarki Polski, którego wyniki stanowią podstawę tworzenia Strategii Innowacji dla Polski. Jej celem jest wejście Polski do grupy najbardziej innowacyjnych krajów świata do 2020 roku oraz udział inwestycji przedsiębiorstw w badania i rozwój na poziomie ponad 0,3 proc. PKB (do roku 2011). Lokomotywami tej strategii są właśnie innowacyjne polskie firmy takie, jak Comarch. Krakowska firma znalazł się również w pierwszej trójce listy rankingowej największych inwestorów w badania i rozwój w Polsce w 2008 roku.
