Od maja 2004 r. w Polfie Warszawa używana jest wersja 9.0 systemu MFG/PRO firmy QAD. Przygotowania do zmiany wersji trwały pół roku. Samo przeniesienie danych do nowo utworzonej bazy wymagało nieprzerwanej 36-godzinnej pracy administratorów.
Zintegrowany system klasy MRP/ERP zapewnił znaczne przyspieszenie obiegu informacji w przedsiębiorstwie, możliwość natychmiastowego uzyskania strategicznych danych, konsolidację kluczowych funkcji zakładu, a także właściwe rozpoznanie kosztów produkcji.
Proces wytwarzania produktów leczniczych musi spełniać zasady Dobrej Praktyki Wytwórczej (Good Manufacturing Practice – GMP). Celem ustanowienia zasad GMP w spółce była budowa systemu zapewnienia jakości gwarantującego standardowość produkcji według wcześniej ustalonych kryteriów i specyfikacji, czyli pełną powtarzalność złożonej jakości każdej serii i jednostki wyrobu. GMP w farmacji reguluje prowadzenie procesu walidacji, który ma na celu potwierdzenie i udokumentowanie, że procedury, procesy, urządzenia, czynności i systemy prowadzą do wyników określonych w specyfikacjach funkcjonalnych, projektowych.